「全日本総合男子選手権大会」は1995年に創設された大会である。第１回大会～第38回大会まで「全日本一般男子選手権大会」と呼称されており、1993年に「日本選手権」（実業団、クラブ、大学、教員のチャンピオンチームを集めて行われていた大会）を統合し、「全日本総合男子選手権大会」に改称。今日に至っている。

　「全日本総合男子選手権大会」は、サッカーでいえば「天皇杯」のような大会。大学、実業団、クラブ等、登録するカテゴリーは違っても、各都道府県予選・地区予選を勝ち抜きさえすればどんなチームでも大会に参加することができる。

　現行のルールでは、前年度、日本男子リーグの決勝トーナメントに進出したチームは予選なしで本大会から出場。前年度の優勝チーム・準優勝チームも予選を免除され、ストレートで本大会に出場することができる。

　過去の大会では、1964年の第10回大会～1966年の第12回大会まで日新製鋼広島（中国地区代表）が「３連覇」を達成。また、1992年の第38回大会～1994年の第40回大会まで好投手・大村明久を擁した山形県庁（山形）も「３連覇」を成し遂げている。

　2018年の大会では、2011年の第57回大会・2012年の第58回大会、2016年の第62回大会・2017年の第63回大会を制し「２度目の連覇」を果たした王者・平林金属（岡山）が史上３チーム目の「３連覇」に挑んだが、準決勝でトヨタ自動車（愛知）に敗れ、惜しくも第３位。代わって「2016年の世界ジュニア選手権優勝投手」小山玲央を擁し、大学選手権（インカレ）も圧倒的な強さで連覇した日本体育大（東京）が破竹の「快進撃」！ ＹＫＫ（富山）を２－０、ダイワアクト（佐賀）を２－１、ホンダエンジニアリング（栃木）を３－２、デンソー（愛知）を２－０、トヨタ自動車（愛知）を６－０と撃破する堂々たる戦いぶりで、見事「大学勢初の総合選手権制覇」という偉業を成し遂げた。

　2019年はホンダエンジニアリング（現・Ｈｏｎｄａ／栃木）が19年ぶり４度目の「戴冠」。2020年は新型コロナウイルスの影響で大会が中止となった。